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돌연변이 단백질에 대한 사전 학습 대규모 언어 모델 기반 약물-표적 결합 친화도 예측
http://doi.org/10.5626/JOK.2025.52.6.539
신약 개발은 높은 비용과 긴 시간이 소요되며, 특히 단백질 돌연변이가 약물-표적 결합 친화도에 미치는 영향을 정량적으로 예측하는 것은 중요한 과제이다. 기존 연구에서는 아미노산 서열 처리를 위해 LSTM과 트랜스포머 모델이 활용되었으나, LSTM은 장기 의존성 문제, 트랜스포머는 높은 연산 비용의 한계를 가진다. 반면, 사전 학습된 거대 언어 모델(pLLM)은 긴 시퀀스 처리에 강점을 가지지만, 프롬프트 기반 접근만으로는 정확한 결합 친화도 예측이 어렵다. 본 연구에서는 pLLM을 활용하여 단백질 구조 데이터를 임베딩 벡터로 변환하고, 별도의 머신러닝 모델로 결합 친화도를 예측하는 방법을 제안한다. 실험 결과, 제안된 방법은 기존 LSTM 및 프롬프트 접근법보다 우수한 성능을 보였으며, 돌연변이 특이적 예측에서도 낮은 RMSE와 높은 PCC를 기록하였다. 또한, pLLM 모델의 양자화에 따른 성능 분석을 통해 낮은 연산 비용으로도 충분한 성능을 발휘할 수 있음을 확인하였다.
